Un Jedi respecté dans la même veine que le vénérable Yoda, Mace Windu était un membre senior du Conseil Jedi. Sa sagesse et son expérience étaient légendaires et ses paroles étaient très respectées.

Dans les dernières années de la République, Windu passait la plupart de son temps au Temple Jedi sur Coruscant. Il s´entretenait régulièrement avec Yoda et les dix autres membres du Conseil, contemplant la nature même de la Force et les affaires des chevaliers Jedi.

Windu était très éduqué dans la philosophie et l´histoire des Jedi. Il était au courant de l´ancienne prophétie de l´élu qui ramènerait la balance dans la Force. Lorsque le maître Jedi rebelle Qui-Gon Jinn a approché le Conseil avec un candidat potentiel pour combler cette prophétie, Windu était hésitant. Avec réservations, il accepta que le jeune Anakin Skywalker soit testé pour identifier son potentiel Jedi.

Même si Anakin montra un potentiel exceptionnel, le Conseil et Windu décida qu´il ne devait pas être entraîné. Il était trop vieux pour commencer une formation de Jedi. Après la mort de Qui-Gon, le Conseil est revenu sur sa décision initiale et accorda la permission à Obi-Wan Kenobi d´entrainer le jeune Skywalker. Windu, diplomate par nature, croyait plus aux pouvoirs des mots qu´aux actions. Alors que la galaxie se trouva constamment divisée par la montée d´un puissant mouvement séparatiste, Windu commença à questionner quelques-unes de ses croyances.

Il croyait impossible que le chef des séparatistes, l´ancien maître Jedi Count Dooku, soit derrière l´éruption des actes de violence dans la galaxie. Mace raisonna que des telles agressions n´étaient pas dans son caractère.

Avec un rapport de Obi-Wan, révélant que les séparatistes se préparaient pour la guerre, Windu a réalisé que le temps des négociations était terminé. Même s´il rappelait au Chancelier Suprême Palpatine que les Jedi étaient des gardiens de la paix et non des soldats, au moment de l´éruption de la Guerre des Clones, les Jedi ont dirigé des patrouilles de soldats clones aux combats.

Des renversements importants comme ceux-ci troublairent Maître Windu car ils étaient arrivés soudainement et les Jedi n´étaient pas préparés. Quelque chose obstruait le futur et la connexion entre l´Ordre Jedi et la Force s´affaiblissait. Qu´un seigneur Sith pouvait exister, quelque part dans la galaxie, n´était pas un doute mais est-ce que ce vilain ombrageux pouvait vraiment amener un tel déséquilibre dans la Force?

Aux premiers engagements sur Geonosis, Windu arriva avant les soldats clones avec une équipe de Jedi. Ils étaient là pour libérer des Jedi prisonniers de Dooku. Dans le combat qui s´ensuit Windu affronta le chasseur de primes, engagé par Dooku, Jango Fett. Même si Fett a prouvé qu´il était mortel face à d´autres Jedi, il n´était pas de taille contre Windu. Le maître Jedi a dévié les tirs de Jango et décapita rapidement le chasseur de primes avec son sabre laser.

Alors que la Guerre des Clones commença sur Geonosis, Windu a dirigé une escouade de commando clones dans le cœur de la bataille. Il est un des quelques Jedi à revenir sans égratignures de cette bataille.

Avec Yoda, il envoya des messages aux Jedi pour assurer le commandement des troupes clones suivant ainsi le conseil du Chancelier Suprême. Mais certains Jedi s´y refusèrent et avec l´appui de Sora Bulq, ils se réfugièrent sur la planète Ruul. Mace s´y rendit aussi pour éviter un schisme au sein même de l´ordre Jedi, mais il se fit attaquer par une Jedi sombre : Asajj Ventress, envoyé par le Conte Dooku.

Il envoya par la suite une de ses anciennes padawan, Depa Billaba, sur sa planète d´origine : Harrun Kal, pour rétablir la paix. Il perdit le contact avec elle, donc il partit à sa recherche mais il ne pu la ramener consciente et personne ne su si elle avait basculé du côté obscur ou non.

Avec beaucoup de réticence, il accepta la mission d´infiltration de Quinlan Vos et participa à la désorganisation du chapitre Nova Ecarlate de la guilde des chasseurs de primes. Il mena ses légions clones sur différents fronts de la République, c´est ainsi qu´on pu le voir sur Dantooine, Iktotche, Boz Pity ainsi que pendant la défense de Coruscant où il arriva trop tard pour sauver le Chancelier Suprême mais engagea tout de même un court combat avec le Général Grievous.

Après avoir appris de la bouche d´Anakin Skywalker la véritable nature du Chancelier Suprême, il se rendit avec les maîtres Kolar, Fisto et Tiin pour l´arrêter. Un duel s´engagea pendant lequel les trois autres maîtres perdirent la vie. Windu tirait son adresse au sabre laser de par sa maîtrise parfait de l´art du Vaapad, la septième forme de combat. Le vaapad était un prédateur venant des lunes de Sarapin qui possédait plusieurs tentacules qui lui servaient à attaquer ses proies. Mace canalisait sa propre obscurité pour la tranforment en une arme de lumière, faisant de lui le meilleur combattant au sabre laser de la galaxie. Alors que Dark Sidious était désarmé et sous la menace du sabre de Mace, Anakin fit son apparition. Au moment même ou il allait tuer Sidious, Anakin désirant garder le Seigneur Sith en vie afin de pouvoir savoir comment sauver Padmé lui coupa le bras qui tenait son sabre à lame mauve au niveau du poignet. Sidious lui projeta ensuite les éclairs de la Force, le précipitant ainsi dans les abysses de Coruscant.

Mace Windu n´avait qu´un seul attachement, il aimait la République par-dessus tout. Son don spécial à lire dans la Force pour voir les points de ruptures des évènements s´est révélée inutile lors de cet ultime duel, il sentit trop tard que le sort de la République était entre les mains d´Anakin. Sa mort fit un grand vide au sein de l´ordre Jedi ainsi que pour Yoda, qui, sur Kashyyyk sentit un grand trouble du fait des liens qui unissaient les deux Jedi. Mace s´était toujours opposé à l´entrainement du jeune Skywalker et n´avait de cesse de noter son manque de sagesse mais avait été tout aussi étonné de voir à quel point il possédait des dons prodigieux. Dans les temps de guerre Obi-Wan avait noté qu´il avait été assombris par l´aura obscure des Sith, spécialement sur Coruscant. Cela l´avait mené à prendre la décision de mettre fin à la vie de Sidious et le mena à la mort.