Etant en tout point identiques, que ce soit physiquement ou intellectuellement, les soldats clones se révélèrent être une armée d´élite assez puissante pour repousser une menace à l´échelle galactique. Chaque génération de soldats clones était créée et élevée dans la capitale de la tumultueuse Kamino : Tipoca City. Cette planète, dont le sol était enfoui sous des kilomètres d´océan, accueillait les plus grands généticiens et cloneurs jamais connus. Les Kaminoans furent les premiers à fournir des clones de qualité, les autres essais s´étant soldés par des échecs majeurs, dus aux essais de croissance accélérée. Là où les autres échouaient, les Kaminoans réussirent. Etrangement, ce furent des créatures frêles qui créèrent l´armée qui sèmerait la terreur dans la galaxie pendant plus de trente ans.

La Grande Armée de la République fut commandée par un mystérieux maître Jedi du nom de Sifo Dyas, dix ans avant sa première intervention sur le champ de bataille de Géonosis. Sifo Dyas était un Jedi, ami et confident du Comte Dooku. Ce dernier avait vu dans ses songes le danger représenté par le Côté Obscur de la Force et les futures armées de l´ennemi. Pour contrer cette menace, il commanda aux Kaminoans une armée de soldats, qui rapidement créés seraient aptes à repousser la menace future, n´en informant pas tout de suite le Conseil des Jedi, pressentant son désaccord. Forte tête comme son ami Dooku, Sifo avait ignoré les préceptes pacifistes du Conseil et leurs recommandations sur l´avenir. Sifo ne savait pas qu´il venait de créer l´armée du futur Empereur Dark Sidious. Pas plus qu´il ne s´attendait à être assassiné par Dooku, devenu l´apprenti du Seigneur Noir des Sith, une fois ce dernier mis au courant. Dooku, ayant sombré dans le Côté Obscur, et Sidious décidèrent de garder l´armée. Sidious pourrait l´utiliser plus tard à son avantage. Pendant ce temps, il décida de porter un coup fatal à la République avec la création de la Guilde Séparatiste.

Dooku fut envoyé sous son nom Sith, Dark Tyranus, sur une des lunes de Bogden pour recruter le modèle pour les soldats clones. A partir de ce modèle, un chasseur de primes du nom de Jango Fett, les Kaminoans développèrent une série de répliques génétiques dont la croissance serait accélérée et l´indépendance diminuée. L´accélération de croissance était un facteur essentiel dans la production des clones, grâce à elle, il fallait deux fois moins de temps à un sujet pour se développer. En d´autres termes, plus de deux cent mille unités pouvaient être prêtes en moins de dix ans. Les soldats clones étaient aussi soumis à des méthodes d´initiation au combat et à des programmes d´entraînement et conditionnés au maximum : on les avait privés de leur esprit d´initiative. Malgré cela, ils restaient immensément supérieurs aux soldats droïdes. Parallèlement à leur production, les Kaminoans collaborèrent avec les industries Rothana, Kuat et Sienar pour équiper leurs soldats : en armes de poingt, mais aussi en chasseurs (d´où la création des canonnières, des chasseurs V-19 Torrent puis des Alpha-3-V-Wings et des ARC-170) et en véhicules d´assauts (speeders, quadripodes AT-TE, bipodes, mécanoïdes lourdes SPHA-T).

Le corps des soldats clones était entièrement enveloppé dans une armure à plastoïde blanc protégeant des éclats divers. Formée sur le modèle d´armure de soldat de choc Mandalorienne de Jango Fett, elle était beaucoup plus résistante que les armures des Judiciaires de la République, avec plus de 20 plaques blindées compressées en une seule, sans point d´attache, négligeant les possibilités d´intégration d´équipement au profit d´une meilleure maniabilité. De plus, le visage des clones était protégé par des casques à visière en forme de T, sur le modèle du casque de Jango. Le casque fut agrémenté d´une pointe dissimulant un comlinck. De multiples filtres étaient placés dans le système respiratoire du casque en cas d´attaque chimiques et le système de visée ainsi que le champ visuel du soldat étaient amplifiés par le système optique intégré au casque. Des codes de couleur, également visibles sur l´armure, servirent à indiquer le rang du soldat : le soldat à l´armure striée de jaune était commandant, celui doté de rouge était capitaine, celui avec du bleu était lieutenant et celui dont l´armure était verte avait pour grade celui de sergent. Les grades des soldats étaient déterminés dès leur naissance. Ces derniers étaient éduqués en fonction du rôle qu´ils auraient à jouer. Cela conduisit d´ailleurs à la formation de plusieurs classes de soldats clones, plus ou moins spécialisées, du soldat de base au commando ARC en passant par le simple pilote.

L´armée de clones fut découverte par Obi-Wan Kenobi au cours de son investigation pour déjouer le complot visant à assassiner la sénatrice Amidala, plus de dix ans après la bataille de Naboo. Kenobi fut surpris par sa découverte, ainsi que le Conseil des Jedi. Alors que le Conseil se demandait s´il n´était pas devenu aveugle, (comment la création de tant d´individus aurait-elle pu passer inaperçue), Obi-Wan poursuivait le modèle des soldats clones jusqu´à Géonosis, où il découvrait l´ampleur de la menace des séparatistes et de leur armée droïde. L´armée des clones, à, peine quelques jours après sa découverte, fut employée par maître Yoda qui utilisa tous les bataillons disponibles pour secourir les Jedi envoyés sur la planète Géonosis. C´est cette intervention qui fit éclater la tristement célèbre Guerre des Clones, où les Jedi n´eurent d´autres choix que de prendre commande de ces clones sur le champ de bataille pour assurer leur première victoire, début d´une longue série de batailles à l´issue souvent incertaine. Entraînés sous l´égide de la coordinatrice Taun We et de Ko Sai, les soldats clones avaient à ne jamais éprouver de sentiments, ni de remords. Les éléments défectueux étaient isolés et ré-entraînés. C´est cela qui fit leur force durant la guerre. Ces soldats, jugés infaillibles, remportèrent de grandes victoires. Mais, malheureusement, parfois dépassés par les événements, ils furent bientôt réduits à l´état de chair à canon. Les soldats clones durent évoluer tant bien que mal durant la guerre. Le maniement d´un fusil blaster ou d´un DC-15 ne suffisait plus. C´est à ce moment crucial que naquirent de nouveaux soldats clones, bien plus adaptés à la guerre que les anciens.

Au cours de la guerre, la République se rendit compte qu´elle avait besoin de plus de soldats avec des compétences bien plus élargies. C´est pour cela qu´une sélection de clones fut entraînée à l´utilisation de nouveaux speeders bikes, packs de roquettes, et véhicules tous-terrains. D´autres encore furent éduqués pour les reconnaissances à longue distance, l´assassinat, la démolition souterraine ou encore le décodage d´ordinateurs. Recrutés parmi des groupes de mercenaires et des cartels du crime, les nouveaux instructeurs des soldats soumirent les troupes une à une à des exercices de survie très dangereux au cours desquels beaucoup de clones trouvèrent la mort. Cependant, de ces méthodes résultèrent des groupes de combats spécialisés, pouvant être déployés dans des environnements inhospitaliers et engager le combat face à des forces séparatistes non droïdes, et ce avec une probabilité de victoire importante. Des batailles comme Brentaal, Muunilinst, Jabiim ou encore Saleucami mirent à rude épreuve l´entraînement des soldats républicains. Malgré cela, les clones restèrent toujours fidèles à leur poste, ne cédant à l´ennemi que pour mourir. Un des exemples les plus connus de cette détermination fut le sacrifice d´un soldat clone sur Brentaal IV pour permettre à la République de prendre la place forte séparatiste de la planète.

Plus d´un an et demi après la bataille de Géonosis, les classes de soldats clones s´étaient diversifiées. De prime abord, pour tous, l´équipement des soldats avait évolué pour faire face aux nouveaux modèles de droïdes : de nouveaux casques, plus impressionants et avec des systèmes respiratoires et de communication plus aboutis, ainsi que de nouvelles armures. Une des classes les plus importante de l´armée républicaine ayant évolué, pour citer quelques exemples, fut celle des pilotes clones, qui prirent part à la guerre dès son commencement en manœuvrant des canonnières républicaines, puis les chasseurs V-19 Torrent. Avec l´avancée de la guerre, de nouveaux pilotes furent mirent à disposition afin de pourvoir piloter de nouveaux chasseurs spatiaux comme l´ARC-170 ou le Alpha-3-V-Wing, voire même le chasseurs Tie à terme. Les pilotes d´escadrons étaient toujours entraînés ensemble sur Kamino avant d´être envoyés à Coruscant des études approfondies. Les Kaminoans, pansant que les chevaliers Jedi seraient trop peu nombreux pour diriger les millions de soldats clones sur le champs de bataille, fournirent également des clones avec des augmentations de programmes et des surplus d´entraînement. Ils servirent de forces spéciales ou de liens de commande entre les Jedi et les troupes standard. Ces clones disposaient de plus grandes libertés d´initiative et de commandements. Ils formèrent les futurs capitaines ou membres des commandos d´élite de l´armée de la République.

Les cloneurs créèrent par ailleurs un nombre limité de clones pouvant être personnellement entraînés par le chasseur de primes Jango Fett. Plus connus sous le nom de soldats ARC, Clones de Reconnaissance Avancée, ils travaillèrent en équipes à l´exécution de missions spéciales. Le Peloton d´Elite ARC fut déployé peu après le commencement de la guerre sur Muunilinst et d´autres planètes stratégiques. Ils opéraient en autonomie, mais se référaient aux généraux Jedi. Une évolution des soldats ARC, si l´on peut le dire ainsi, fut celle des nouveaux commandants clones, comme Bly, Cody ou Neyo, qui furent assignés auprès des généraux Jedi pour les aider à coordonner leurs troupes, surentraînés et doté d´une certaine indépendance, jusqu´à ce qu´ils exécutent leurs généraux suite à l´Ordre 66 de Palpatine. Peu de temps auparavant, en réponse à la frustration des Jedi, toujours débordés, le Chancelier Palpatine, après consultation de son Conseil de Guerre et de nombreux comités sénatoriaux, ordonna le déploiement d´autres clones spécialisés : sur Coruscant, les patrouilles de troupes de choc, arborant des marques rouges, surveillèrent les bâtiments gouvernementaux et les plates-formes d´atterrissage. Les citoyens de la capitale devaient sans hésitation présenter leur papier d´identité sur leur demande. Ce furent les premiers signes invisibles de la dictature de Palpatine, fondée sur la sécurité. On peut toujours évoquer pour finir une infinité d´autres types de soldats clones, adaptés à l´environnement planétaire aussi bien au niveau de l´équipement que du camouflage, avec à cet exemple les clones SCUBA, les clones pilotes de AT-RT ou encore les clones pilotes de speeders BARC.

Dans les derniers jours de la guerre, les différentes troupes républicaines, sous les ordres des chevaliers et de maîtres Jedi comme Obi-Wan Kenobi, Yoda, Ki-Adi-Mundi, Plo Koon, Barriss Offee, Luminara Unduli et bien d´autres, étaient présentes sur les dernières planètes soumises à l´oppression de la Confédération des Systèmes Indépendants. Leur but était de détruire les forces droïdes avant de se retourner contre leurs supérieurs Jedi sous l´Ordre 66 commandité par l´Empereur Palpatine. L´Empire, après la déclaration de l´Ordre Nouveau par un Palpatine défiguré sur Coruscant, continua de produire de nouvelles troupes bien après la Guerre des Clones, qui avait duré près de trois ans, à partir de différentes sources qui furent principalement utilisées pour faire régner la peur parmi les civils. Cela demeura l´un des grands désavantages de l´Empire lorsque arriva le conflit contre l´Alliance Rebelle. Les restes des descendants de Jango Fett se mêlèrent petit à petit à de nouvelles unités moins performantes et devinrent les stormtroopers impériaux. Deux tiers des soldats clones de la République avait survécut à la guerre. Elles servirent à entraîner les générations suivantes, et finalement devinrent partie intégrante d´une armée dont le nombre de recrues humaines prit le dessus sur le nombre de soldats clonés.

Les soldats clones furent un temps presque oubliés. Seul le Grand Amiral Thrawn vit en eux, neuf ans après la bataille de Yavin IV, le moyen de réduire à néant la Rébellion. Il tenta, grâce à des cylindres Spaartis, responsables d´un incident majeur lors de la Guerre des Clones (les clones entrés trop vite à l´âge adulte, au bout de quelques semaines, devenaient fous), de se recréer une armée de soldats, formée et dirigée mentalement grâce à l´obscur Joruus C´Baoth. Ces clones, aisément distinguables dans la Force, intriguèrent Luke Skywalker qui les différencia d´un des clones de l´Ancienne République, qu´il avait des années auparavant rencontré sur Jabiim, alors qu´il avait été abandonné par les autres. Ils furent après de longues semaines de batailles vaincus, et leur lieu de production, le Mont Tantiss, réserve technologique de l´Empereur Palpatine, détruit. Dès lors, on ne parla plus des soldats clones autrement que dans les livres d´histoire.